İlçenin tarihi, MÖ.5000 yıllarına kadar uzanıyor. Bafra isminin kökeni: Kızılırmak’ın denize açıldığı yerde; MÖ. 521 yıllarında Fenikeliler zamanında, ticaret gemilerinin yanaştığı koylarda bulunan: ticaret evlerine “Bafira” ismi veriliyormuş ve bu isim, değişime uğrayarak, günümüze “Bafra” olarak ulaşmış. Yani: Bafra isminin, muhtemelen 350 yıldır kullanıldığı düşünülüyor.

İkiztepede yapılan kazılarda: kalkolitik döneme ait yerleşim izlerine rastlanmıştır. Burası: yaklaşık 2300 yıl boyunca, sürekli yerleşim yeri olarak kullanılmıştır. Eski Tunç Çağı, Hitit dönemi kültürlerinin izlerini taşıyan, çok sayıda eser ve kalıntı bulunmuştur. Helenistik döneme ait de, bir mezar bulunmuştur.

Bölge: MÖ.47 yılında, Roma egemenliğine girer. 13.yüzyıl başında ise, Anadolu Selçukluları görülür. 1214 yılında, Konya hükümdarı İzzettin Keykavus, bazı Türkmen aşiretlerini bölgeye yerleştirir. 1243 yılında, Moğol istilaları sonucu, Selçuklu Devletinin yıkılması üzerine, bölgede, küçük bir Türk beyliği olan, Bafra Beyliği kurulur. 1460 yılında, Osmanlılar bölgede egemenliği ele geçirirler.

1876 Osmanlı-Rus savaşında, Kırım’dan Bafra’ya çok sayıda, Tatar gelir. 1912 Balkan Savaşları sonrasında ise, Kosova’dan gelen Arnavut göçmenlerin büyük bölümü, Bafra ve çevresine yerleştirilirler. Halen, Kosova kültürünü ve ana dilleri olan Arnavutçayı yaşatmaktadırlar. Arnavut göçmenlerinin Bafra’da tarım ve bahçecilik kültürünün gelişmesine katkıları büyüktür.